但同时也有相关学者提出了针对血吸虫病的疑问，首先他们指出，同样参加赤壁之战，唯独曹军被血吸虫感染了，为何吴军却没有呢？仅仅用免疫力就能说明这一点吗？他们还相继提出了针对以上理由的反驳。

　　反对者首先指出，曹操是在邺而不是在疫区江陵训练水军的，而邺并不是血吸虫病疫区，感染的可能性不是很大。其次在潜伏期上，反对者也指出，血吸虫病的潜伏期一般在一个月左右，少数在两个月以上，但潜伏期越长，发病的症状也就越轻。因此他们认为，即使曹军是在秋季患上了血吸虫病，那么等到大战爆发前的冬季才发病的曹军症状应该相对较轻，而不至于毫无抵抗力。

　　对历史上确实有曹操烧船退军一事的记载，他们也指出了错误之处。因为烧船的地点不在赤壁而在巴丘，时间不在赤壁大战时，而在曹军兵败退到巴丘时。对于提出的免疫力问题，反对者也作出了解释，说曹操的水军大部分是居于血吸虫病流行区的湖北人，跟孙刘联军的免疫力没有什么差别；除此之外，补充给曹操的刘璋军队也是来自疫区四川的士卒。所以，孙刘联军在免疫能力上与曹军没有高低强弱的分别，因此也就不存在只有曹军患血吸虫病的可能了。

　　曾经被人称为用兵如神的曹操吃了个大败仗，让人不免感到疑惑，也许正是因为这一理由，人们才喜欢按照自己的想法去研究，或许真相并没有那么复杂，只是人们太爱去追寻所谓的根源了。