这个假说有一个前提，那就是必须假定印度河流域的征服者已经掌握了原子能技术，这似乎很难使人相信。不过，在印度古代梵语叙事诗《摩呵婆罗多》中有一段关于战争的描写：“好像自然的威力一下子迸发了出来。太阳在旋转。武器的热焰使得大地熊熊燃烧。大象被火烧得狂奔，想躲避这可怕的灾难。河水沸腾，百兽死去，敌人一片片倒下，尸体狼藉。马和战车都被烧毁了，整个战场一片大火劫后的景象。海面上死一般的沉寂，起风了，大地亮了起来。这真是一幅令人毛骨悚然的画面，死者的尸体被可怕的大火烧得肢体不全，不复成形。我们从来没有见到过或听说过这样一种武器。”这可怕的场面使我们不能不把这种“秘密武器”同原子弹联系在一起。
如果真是这样，那么这些神秘的征服者又是谁呢?他们来自何方?他们会不会是来自宇宙的其他智慧生命呢?和地球上许多别的不解之谜一样，不少人坚信莫恒卓达罗城的覆灭和外星人有关。他们既然能够驾驶宇宙飞行器飞越广阔的星际空间来到地球，也就能够掌握原子能或更先进的技术。
另外，考古学家们在“死丘”只发现了少量的人体骨骼，那些失踪的居民会不会被外星人带走了呢?
也有人认为，在宇宙射线和电场的作用下.大气层中会形成一种化学性能非常活泼的微粒，这些微粒在磁场的作用下聚集在一起力之变得越来越大，从而形成许多.大小不等的球形“‘物理化学构成物”，形成这种构成物的同时还能产生大最的有毒物质。积累多了便会发生猛烈的爆炸。
随着爆炸开始，其他黑色闪电迅速引爆，从而形成类似核爆炸中的链式反应甲爆炸时的温度可高达1.5万度，足以把石头熔化。这个数字恰好与摩亨佐达罗遗址中的发掘物一致:据推测，摩亨佐达罗叮能是先被有毒空气袭击，继而又被猛烈的爆炸彻底摧毁。而在古城的大爆炸中，至少有3000团半径达30厘米的黑色闪电和1000多个球状闪电参与，因而爆炸威力无比。
还有人认为，摩亨佐达罗毁于外星“宇宙飞船”，英国学者捷文鲍尔特和意大利学者钦吉推测a万年前，一艘载着外星人的核动力飞船在印度上空游弋时，可能意外地发生了某种故障而引起爆炸，以至造成巨大灾难。然而外星人是否存在至今仍是一个未解之谜，故此说不足论。
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