皇太极在位时，是后金和蒙古关系最好的时期。皇太极就是因为得到了元朝皇帝的玉玺才改元称帝，建立大清的；皇太极称帝后，后宫册封的一后四妃都是蒙古人，其中就包括大名鼎鼎的庄妃，也就是后来的孝庄太后，皇后则是庄妃的姑姑，叫格格。明朝末期，后金和蒙古的关系经历了一个非常复杂的关系，关系到蒙古、后金、藏传佛教等诸多因素。我们先把当时的情况做个介绍。
1.中国古代中原、草原、东北三个地区的长期博弈
在一般的中学历史课本，总是把中原王朝作为主体进行叙述，而把长城以北的地区统称为游牧地区，其实这种说法是不对的。中国北方的游牧民族主要指蒙古草原上的民族，即今天的内蒙古和外蒙古，而东北地区的生活方式包括游牧、农耕、渔猎等多重方式。
从大的范围来看，中原地区为农耕区，蒙古草原为游牧区，东北地区是一个游牧和农耕的过渡地带。不同的经济方式决定了不同的统治方式，中原农耕区财富较多且易于征税，可以统治较为稳定的帝国，皇帝的继承是父死子继；蒙古草原上主要是游牧部落，组织较为松散，即使建立了统一的联盟，大可汗也是名义上的头领，需要通过不断地掠夺来维持联盟的坚固，大可汗的继承方式以兄终弟及为主。东北地区则兼具这两种地区的特别，既有大片的土地可以耕作，也有大片的森林用于游牧渔猎。
蒙古草原上先后崛起过匈奴、柔然、突厥、蒙古等帝国，东北地区则先后崛起过鲜卑、乌桓、靺鞨、契丹、女真等少数民族。在明朝以前，女真和蒙古先后入主中原，女真建立了统治中原107年的金国，蒙古建立了统治97年的元帝国。从大的空间上来看，整个中国几千年的历史，就是中原、草原、东北三个地区不断博弈，最后归于统一的历史。
2.明朝末年，蒙古大汗法统的分裂
蒙古历史上最伟大的可汗当然是成吉思汗，他带领蒙古骑兵四处征战，建立了疆域无比辽阔的蒙古帝国。后来，成吉思汗的孙子忽必烈建立了元朝，统一了整个中国。蒙古人虽然统治了中国，但治理水准却出奇地差，他们把人分成四类，蒙古人、色目人、汉人和南人，没有很好地运用儒家思想来治理中原，还险些把中原的耕地变成牧场，真是滑天下之大稽。后来，朱元璋领导红巾军起义，拉起了“驱除鞑掳，恢复中华“的口号，将元朝统治者赶回了蒙古大漠。后来，明朝在边境上设立了九边，用来防止蒙古南下。
在中原待了一百多年，使蒙古的大可汗的继承制度发生了变化，就是只有成吉思汗黄金家族的后代才有资格继承蒙古大汗的地位。因为成吉思汗的影响太大了，后来这一原则又窄化到了只有托雷这一系的才子才有继承权。
但是时间长了，蒙古没有足够多的财富，也就瓦解成了成吉思汗统一前的状态。正牌大可汗的力量也不足以压倒其他部落。这个时候黄金家中的小支中出了一位俺答汗，非常能打，几乎统一了蒙古。但他因为血统原因不能当大汗，于是他就动起了别的心思。他打到青海以后，发现一种新的武器，那就是藏传佛教，他发现的是其中一支叫黄教。俺答汗和黄教的领袖索南嘉措合作，分别称对方是巴思巴转世和忽必烈转世，巴思巴曾是藏族国师，做过忽必烈的老师。于是他们在蒙古大力宣传黄教，在藏族佛教转世思想的影响下，蒙古的俺答汗因为是忽必烈转世，所以获得了最大的正统性，终于可以明正言顺地继承大汗之位。但是这样做也产生了副面作用，那就是藏传佛教教派众多。既然俺答汗能和黄教的首领合作用转世获得大汗地位，其他的部位可汗也就能有样学样跟着做。这样一来，蒙古的法统就分裂了，草原出现了众多的转世大可汗，部落也就进一步分裂。
3.后金的崛起和皇太极继承蒙古法统
蒙古的这样一种分裂局面，就为后金的崛起提供了一个难得的时机。于是就有了我们熟悉的努尔哈赤以十三副盔甲起兵，经过几十年的争战，统一了女真部落。
到了皇太极统治的时候，蒙古内部又发生了一系列内斗。事件的核心在林丹汗，他是托雷的直系子孙，最有资格统一蒙古做大汗的，元朝的玉玺就在他手里。但是经过了法统分裂的几十年动乱，蒙古部落对林丹的正统性不感冒了。林丹汗先是通过翻译佛经，将大量的藏传佛教经典翻译成蒙文，又通过武力统一各部落。但是效果非常差，很多失败的部落都投降了皇太极。皇太极于是联合蒙古的众多部落，打败了林丹汗。这时，蒙古内部的大可汗继承人无望了，而皇太极却逐渐征服了各个部落。后来，林丹汗到青海时病死了。他的王后看走投无路，就投降了后金。皇太极拿到了元朝皇帝的玉玺。至此，皇太极正式继承蒙古大可汗的地位，成了满盟两个民族共同的大汗。同时也这一年，皇太极改元称帝，建立了大清王朝。可以，皇太极是通过藏传佛教的转世说，从法统和军事两个方面都取得了胜利，从而建立起了较为坚固的满蒙联盟。
清朝皇帝对蒙古的统治最好的做法就是继续鼓励蒙古人信仰藏传佛教。从皇太极开始，历代清朝皇帝都在为蒙古人修庙，因为藏传佛教的基本教义是信教要从属于某个寺庙。寺庙无法移动，也就限制了蒙古骑兵的机动性，减轻了他们对朝廷的威胁。
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