从企鹅的起源来说，科学家们指出企鹅身上存在着尾综骨。鸟类的祖先是蜥蜴型的，在基因的继承过程中，保留了一个由脊椎骨组成的长尾巴。在物种进化过程中，鸟的尾骨最终缩成一块小的骨节名为尾综骨，主要作用是用来支持尾羽。不论是早期的始祖鸟还是现今的鸟类，骨架结构上都存在尾综骨，这也证明了企鹅的祖先也是拥有飞行技能的。再则，企鹅已经不像其他鸟类拥有翮羽，但它的体内仍存在支撑翮羽的结构，它的鳍翅属于飞翼，小脑也是高度发达，这些证据都能证明其祖先拥有飞行的本领。除此之外，企鹅在睡觉时会把喙插在翅下，这种习惯特征与鸟类相同。

　　从生物力学角度来解释，也有科学家指出企鹅不会飞的原因是潜水能量消耗远低于飞行而做出的最优选择。生活在太平洋、大西洋北部的海鸠，是一种和企鹅非常类似的海鸟，不同的是它仍然保留了飞行能力。根据科学研究结果指出，通过一种叫做双标水的同位素技术可以监控海鸠运动时的能量消耗。在测试海鸠飞行和潜水两种运动状态的能量消耗后发现，其潜水时所需的能量远低于其他鸟类，仅次于企鹅潜水的效率。但是，海鸠飞行时所需的能量不仅是飞行鸟类中 的，而且远远高于其自身的基础代谢率。从生物力学的角度上来说，这种低耗能潜水行为和高耗能飞行行为会让海鸠在进化中有失去飞行能力的可能。这也从侧面说明了企鹅的飞行能力也可能是同种原因所造成的。

　　因为生活在隔绝性的海岛，企鹅不需要花费极大的飞行气力去躲避天敌，所以在进化过程中逐步失去了飞行能力。这种情况也类似于鸡、鸭、鹅，它们在人类的饲养下，也逐渐丧失了飞行能力。

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