大约在1667年，牛顿开始修习化学。为了更好地入门，牛顿大量地搜集资料，编纂了一本包括名词、仪器和专门术语的词典。虽然这本词典里大部分包含的都是化学知识，但牛顿也意识到有些东西需要保密。例如，词典中Elixar这个词，是指能治百病的灵药，就是炼金术追求的长生不老药，但牛顿在这个词条的下方并未做注释。相反，其他的词语都有简短的说明。

　　在牛顿探索炼金术的过程里，波义耳起到了指导老师的作用。两人的首次公开会面是1675年，一年后，他们的通信往来开始频繁。在修习炼金术的过程里，牛顿经常与波义耳交流探讨。当波义耳在皇家学会上发表《与黄金同在时水银的增温反应》这篇有关炼金术的文章时，牛顿曾写信给皇家学会的秘书奥尔登伯格，请求奥尔登伯格制止波义耳向社会公布他在炼金术上的发现。牛顿在信里提到：“它有可能产生一些高贵的东西，但就算如炼金术的作者所言含有一丝真理，即不会对世界造成极深的伤害，也不应该开诚布公……”除此之外，牛顿还经常建议波义耳用假名来发表相关的文章，以免被大众识破真相。从这里我们可以看出，虽然牛顿正在研究炼金术，但他并不愿意正大光明地进行相关工作。为了维护自己辛苦奋斗来的名誉和地位，牛顿必须以秘密的方式来探索哲人石。

　　从1669年起，牛顿接连几次去伦敦购买实验材料和设备，并与一些炼金术士和特殊的书商接触。在这些书商里，牛顿通过一个叫做库珀的书商购买到一些在欧洲各地风行的炼金术手册，其中有泽茨纳的《化学论》和菲拉利塔斯的《重现里普利》。在实验所需要的东西全备后，牛顿开始日夜守在实验室的炉火前，一遍遍做着实验和详细记录。修习炼金术期间，牛顿还加入了“哈特利布社团”。这是一个炼金术士和巫师的社交圈，它的目标就是将炼金术的教条和机械哲学的知识架构结合起来。牛顿是被当时的科学家摩耳介绍进来的。那段时间里，牛顿多次离开剑桥，参加社团聚会，与圈子里的社友一同探讨相关的炼金术事宜。在交流中，牛顿曾鲜明地表达过自己对炼金术的感受：“炼金术并非如无知的民众所以为的，只是买卖金属而已，那种错误的想法对此高贵的科学是侮辱……而是为了教化和造福人类。”可以说，在哈特利布社团里的交流探讨，为以后牛顿研究炼金术提供了广泛的知识架构。

　　三十年心血毁于一旦

　　在最初的炼金实验里，牛顿并非一帆风顺。一开始，牛顿是按照前人的经验和套路进行相应的操作。他先是试验如何让金属性质改变。水银作为炼金术士心中的宇宙第一物质，被称作“哲学家的使者”，它可以让金属转化性质。因而牛顿起先的实验就是试图制造出水银。根据波义耳的方法，牛顿将普通的水银溶解在硝酸里，然后加入铅屑，但得出来的银白色固体和原来加进去的水银相同。在第一次失败后，牛顿继续把不同的金属加入含水银的硝酸溶液，然而每一次都只得到普通的水银，“哲学家的使者”并没出现过。

　　虽然在开始阶段遇到了一系列挫折，但牛顿并未气馁。接下来的研究中，牛顿用锑元素代替先前的金属。这一次，在1670年底的时候，牛顿成功制得了一种神秘的东西——轩辕十四锑。尽管轩辕十四锑可能并不是能将金属转变性质的水银，可牛顿却对这个成就欣喜异常。

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